Б.Сыдыков атындагы Кыргыз-Өзбек эл аралык университетинин магистратура бөлүмү КРнын ББжИМ тарабынан 2021-жылдын 19-апрелинде № 503/1 буйругунун негизинде каттоо номери №D 2019-0003 лицензиясынын негизинде ачылган.
2021-2022-окуу жылдары магистратура бөлүмүнүн башчысы, ф.и.к., доцент С.К. Жусуева жетектеген. 2022-2024-окуу жылдары э.и.к., доцент Урайымов Н.Ж. жетектесе, 2024-жылдын 24-сентябрынан баштап бөлүм башчы п.и.к., доцент Тилекова Назира Дүйшөбаевна эмгектенип келүүдө.
Жалпы 10 багыт боюнча лицензия алынып, эң алгач 2021-жылы бардык багыттар боюнча 148 магистрант кабыл алынган. Аларга магистр академиялык даражасын ыйгаруу үчүн 8 бүтүрүүчү кафедра тейлейт. 2023-жылы алгачкы бүтүрүүчүлөр ийгиликтүү аяктап, магистр даражасына ээ болушту.
2023-жылы 2-февралда магистратура бөлүмүндөгү 7 багыт ААОПО көз карандысыз агенттиги тарабынан, 1 багыт 2023-жылдын 4-декабрында аты аталган агенттиктен ийгиликтүү аккредитациядан өтүшкөн.
2024-жылы магистратура бөлүмүндө 10 багыт боюнча окутуунун сырткы формасына лицензиялар алынды.
Бүгүнкү күндө жалпысынан 696 магистрант, алардын ичинен 508 магистрант күндүзгү бөлүмдө, 188 магистрант сырткы бөлүмдө билим алышат.
(Магистратура бөлүмү аталган университеттин Окумуштуулар кеңешинде бекитилген Жоболордун негизинде иш алып барат).
Магистранттар илимий-изилдөө ишин окуу процессинин бардык мезгилинде үзгүлтүксүз жетекчиси менен биргеликте алып барат жана маалы менен эсеп-кысап тапшырып, натыйжада бүтүрүүчү магистрдик ишти коргоо менен жыйынтыктайт.